81°F
天气图标 清除

内华达州的战争在冠状病毒突变体上

Updated 5月1日,2021 - 9:04 PM

里诺—内华达州的公共卫生调查’首先报道了南非患者抗性冠状病毒菌株的案例开始呼叫雷诺医院到韦弗县卫生区。

2月份医院的医生联系了该地区,询问是否值得分析来自最近前往该国的Covid-19患者的试样。

“I said, ‘Absolutely,’”召回的Heather Kerwin,该区’S流行病学计划经理。“把它拿到pandori’s lab.’”

Mark Pandori是一位与内华达大学,里诺,医学院的副教授。他也是内华达州公共卫生实验室的董事,位于一个低洼米色大厦的校园里,看起来有点像碉堡。这是内华达州’对冠状病毒突变体的战争每天上演,采用先进技术对抗潜在的致命疾病菌株的传播。

Pandori使用来自整个状态的阳性测试结果的采样来引领分析病毒的遗传码。这种分析允许公共卫生官员跟踪菌株—也称为变体,或者如果你’科学家,谱系—这已经从中国武汉首次发现的原始病毒演变出来。

公共卫生’s ‘dirty secret’

与所有病毒一样,导致Covid-19的SARS-COV-2病毒在其复制时,通过突变或错误不断发展。许多突变使病毒更多或更少危险。但研究人员说,一些突变给穗蛋白质,其给予病毒的冠状形状,其产生了更传染性的菌株或更容易通过疫苗接种或先前感染产生的免疫力。这些变体中的一些也可能被证明是更致命的。

疾病控制和预防的中心是指更危险的菌株“variants of concern.”它们包括首先在南非,巴西和U.K.中确定的菌株,也是加利福尼亚州的一对。每个人都在内华达报告的情况,自1月2020年1月20日以来,超过100个菌株发动,但只有十几个数量。

A “double mutant”印度的变体,由于两个关键突变而被CDC密切监测的菌株也在内华达州检测到。

美国公共卫生官员担心这些更麻烦的变体可能会导致案例,住院和死亡的新浪涌。

Reno国家实验室的团队使用测试样本来进行称为测序的遗传分析,这检查了RNA基因组的顺序’遗传密码确定其应变。

该实验室与该州共享遗传分析’S县卫生区。

“他们可以使用该信息来协助疾病控制调查或了解是否更好…群集中的案例相关或无关,” Pandori said. “Or if it’■某种令人担忧的变体,是否需要一种特别激进的疾病控制和调查。”

去年夏天,测序是在枪击中完成的’S Nevada Genomics Center,Paul Hartley主任开发了一种分析Covid-19标本的早期方法。州立实验室有“过渡到使用一体化的自动仪器进行排序,可以快速地提供排序数据,这比我可以在此比例更快,” Hartley said.

目前的过程开始于从试样中提取RNA的机器。另一台机器完成一个调用的过程“thermal cycling”检测SARS-COV2病毒是否存在。实验室人员采取提取的材料并手动稀释RNA的浓度。从那里,它们将材料加载到自动下一代定序器中。该序列仪将数据发送给上传员工以进行分析。

实验室使用尖端设备—一件售价900,000美元—其中一些是从关心行为的资金购买。

12月中旬,潘达尔蒂’当它开始排序所有Covid-19测试IT流程以及来自整个状态的样本时,SAB的实验就会拍摄一个陷阱。实验室已经分析了大约3%的国家 ’■正面测试。 3月,百分比上升到6.5%,超过许多当局推荐的5%的目标.疾病控制和预防的中心还序列由商业实验室处理的内华达州的阳性测试结果的采样。

实验室是“在自动化时尚建立这项技术的积极性使我们可以每天获得遗传智能,”潘多蒂说,在加州大学伯克利学习遗传学的潘多蒂在UC圣地亚哥获得了博士学位的生物医学科学/病毒学,并在哈佛医学院获得了团契培训。他于2019年12月加入了国家实验室,就在去年3月在内华达州的大流行病之前。

这种智能可以实时使用来调查案例集群,并且可能是抑制新的更危险的变种的传播。关键是快速行动。

“肮脏的秘密是,公共卫生是一种无能为力的一旦传染病已经走下了一点点,” he said. “真的,我们在公共卫生方面的唯一权力是为了干预和防止事物。”

变体入侵

通过测序,公共卫生实验室确认雷诺医院’s case 是南非B.1.351变体,研究人员认为更具传染性,更能避免一个人产生的保护抗体’s immune system.

垫片区开始称患者对病毒暴露的已知密切接触,并建议他们到自治区,以便如果他们被感染,他们可以避免将疾病传播给其他人。那是县’Kerwin说,对于任何应变的阳性案例的步骤。

该部门开始寻找未知的联系人。它审查了患者访问过的商店的视频监控镜头,以识别任何员工或其他客户与他仔细联系的员工。

“他们的侵略性疾病控制已经导致零案例,” Pandori said.

垫片区优先考虑涉及更危险的变种的病例。在诸如英国B.1.1.7之类的变体的情况下,CDC描述了50%的传染性,它接触测试积极的个体,告诉他们他们有更具传染性的压力,如果该信息不可用原始曝光通知的时间。

它还要求将与自检联系人密切接触14天,而不是标准10天。

并非所有调查都是侵略性的。南内华达州南部健康区通常不会圈回个人,其中包括更危险的变种或该人’代表说,近期联系人。

克拉克县健康区的疾病监督监督员不确定3月份一个国家的个人’首先报告了巴西的案例,在案例调查期间或有两种后续病例的情况下被告知特定应变或他们的联系是否给出了信息。

它依赖于首次发出通知时是否可用的细节,该主管金佰利赫特汀表示,没有回忆起案件的详情。通常,该地区第二次不会联系,因为其避免传播疾病的指导保持不变。

“变体具有遗传差异,使它们更可传播或潜在的疫苗影响,或(均为)更常见的重新感染,” Hertin said. “但是,在防止那个人暴露他人方面的干预是完全相同的。”

赫特汀说,由于测序的案例数量有限,所以在发现变体时的赔率很好,它已经将在社区中传播。

“在循环开始后,变体的发现通常很晚,” she said.

区’S流行病学和疾病监测办公室“正在更新其系统以反映关注的任何变体,以便监控它们,以了解是否存在基于对个人采访后收集的数据的任何共性或群集,”地区代表Stephanie Bethel说。

伯特尔表示,巴西变异的三个案例似乎没有联系起来。在审查期刊之前,健康区没有公开这些案件公开首次报道在他们。

研究人员认为,第1型变种在南美洲的案例中加剧,包括在疫苗接种率高的国家。

垫叶盒簇

即使是侵略性的疾病调查和接触跟踪可能不足以阻止更传染性的变种。

Kerwin说,垫片健康区与第一个涉及U.K. Variant的一个案例集群有关。该区认为原始案件在一个人出于纪念服务和相关聚会的国家。二十个Covid-19追踪到事件,其中三个被证实为B.1.1.7。通过测序,更多疑似。并非所有病例都被测序,因为它们涉及到盥洗垫之外的人’s jurisdiction.

韦科孔区还调查了与青年排球队相关的案例集群,其中团队成员,教练和家人在从州外锦标赛中返回后生病。 Kerwin说,26例B.1.1.7的确认案件与该集群联系起来。

“We know we’ve阻止了案件的传播”通过调查,Kerwin说

尽管有这种密集的努力,但U.K. Variant已经成为内华达州的主要菌条,因为它在美国的整体。

它曾经觉得努力停止变种是徒劳的吗?

“有些日子,它肯定会感觉到那样” she acknowledged. “我认为公共卫生正在要求自己。”

疫苗智力

Kerwin,Hertin和Pandori都说,从跟踪变体收集的信息将用于向开发新的疫苗或疫苗助推器来打击冠状病毒。

“六个月起,我们’重新谈论排序,因为它是一种常量形式的疫苗智力,” Pandori said.

辉瑞和现代疫苗使用遗传密码在体内产生免疫应答。“并且由于它是代码,它可以轻松更改,我们可以开始使用此序列数据来告知我们的下一次镜头中应该是哪些代码,” he said.

智力的分流类似于每年开发流感疫苗的过程,研究人员预测他们需要最需要的菌株,以防止下一个流感季节。

Pandori是一场战争历史Buff,使用ARM比赛类比来描述Covid-19疫苗必须如何发展以响应不断发展的病毒。

“如果你有20世纪60年代或迟到的导弹’50年代将对苏联工作,您认为同样的导弹现在是否会反对像俄罗斯这样的国家?” he asked. “答案是别因为事情发生了变化。雷达已经改变了…并且干扰技术发生了变化。”

同样,对于疫苗而发展,研究人员需要在他们中间不断地了解敌人。

“It doesn’t mean that we’重新再次又一次地再次被击中,很可能有不同的变种,” Pandori said. “但至少排序给我们有机会了解这些变体的存在。我们可以’t surrender.”

联系Mary Hynes[email protected]跟随@MaryHynes1在推特上。

不要错过大故事。像我们在Facebook上一样。
最新的